زماني كه مشروطه خواهان با آغاز مبارزات، سعي و تلاش و با دليري تمام، به كا خهاي استبدادگران يورش برده و به اعدامگاها گسيل گشتند، ركود وسكوت مرگ باري در جامعه  حكم فرما شذ. آن وقت كه پرورش يافته گان دست استعمار از"ديره دون" به كشور رخنه نموده به حيله و تزوير قسم به قران خدا را وسيلهء اغراض خويش ساخته بودند و جلادان قهار، به همه ارزش ها و وا|ژه هاي ناب انساني تاختند، محمد طاهر بدخشي با قامت استوار و در بلنداي  زمانه ها فرياد حق طلبانه و آزادي خواهانهء ملت هاي محروم ومظلوم را شعار اساسي خودساخت،وجهت تحقق حقوق حقه ي ملت هاي ستم كش پرچم آزاديخواهي را  بدون بيم و هراس  به اهتزازدر آورد. او جامعه  فقر زده و عقب نگهداشتهۀ ي ما را  محصول نابرابرهاي ملي ميدانيست. او به صراحت بيان ميداشت الي حل مسله ملي در كشور دشواري هاي اين سرزمين به يك راه حل منطقي نخواهدرسيد. دشمنان رنگارنگ و ناسيونالست هاي افراطي، نازيست ها، هژمونيست هاي عظمت طلب، اتهامات ناروا بروي وارد كردند ، ولي او با متانت و پاي مردي در راه برآورده شدن آرمان بزرگ مردم به مبارزه برخواست. او بار ها يادآور ميشد "انديشه ها و تفكرات مرا در لابلاي تيوريهاي مختلف جستجو ننماييد بلكه حقايق اجتماعي نماد اساسي طرح مسله ملي است" به اصرار به آن تاكيد ميورزيد. بدخشي از تبعيض وتعصب نفرت داشت به تمام مليت ها واقوام افغانستان عشق ميورزيد ،تلاش هاي خان عبدالغفارخان زعيم  پشتون ها را ميستود  وبا وي روابط حسنه ي برقراركرده بود.

تحولات سه دهه ي اخير دركشور نمايانگر واقيعت هاي انديشه هاي ناب وي است،  بدخشي درهرحادثهء اجتماعي نظر خويش را با جرات  ابراز ميداشت. تعدادی از افسران، كودتاه سرطان 1352 را با وي در ميان گذاشتند،  ،بدخشي بر افروخته شد،  آن چنان كه آتشي در تنش رخنه كرده باشد ،مفهوم و معني دقيق كودتاه را به شكل فشرده به الفاظ دقيق بيان داشت "كودتا يعني توطيه  و دسيسه سياسي كه جامعه را ميتواند به قهقرا بكشاند و آيندهء نيك براي تغيرات اجتماعيي ندارد"، باز هم به پرسش يكي از افسران بار دوم زياد تر براشفت و تمام آن افسران كه به ملاقات شان آمده بودند از نزد خويش راند فرياد بر آورد "برويد من كودتا چي نيستم"، محمد داود خان با معرفت كه در اردو افغانستان داشت تلاش ها جهت تغير ر‍ژيم را آغاز نمود يكي از جناح هاي حزب دموكراتيك خلق با روابط كه با سردار محمد داود داشتند با آن همكاري ميكردند حلقه  متشكل افسران شمالي  عبدالحميد محتاط،،دگروال محمد يعقوب ،دگروال واسع خان ،انجنيير نظامي محمد آصف واينجنيير عبدالخالق چيره رهبري اين گروه افسران نظامي را به عهده داشتند، نيز با داود خان تشريك مساعي نمودند كودتا پيروز شد دموكراسي تاج دار شاهي سرنگون گشت، و رژيم تك حزبي استبدادي جاي رژيم شاهي را گرفت بدخشي سقوط رژيم  را توسط داود خان امر نيك نميدانيست ،ولي حادثه ءبود كه بوقوع پيوست وبدخشي فعاليت هاي علني و مخفي تشكيلاتي محفل انتظار را كه بعدا به "سازا" شهرت يافت، تشديد نمود ودر نشست در كابل به مولانا بحردين باعث وحفيظ آهنگرزاده ،پنجشيري وتعداد از دوستان تشكيلات حرفه ء مخفي را جهت مطالعه ازوضيعت اجتماعي بدخشان به آن ديار اعزام داشت وقيا م  درواز بوقوع پيوست، قيام كننده گان بعداز مدتي دستگير شدند، وغوث الدين فايق وزير فوايدعامه دولت داود خان از دستگيري قيام كننده گان به بدخشي اطلاع داد بدخشي وبشير بغلاني به خاطر  رهبري اين قيام به زندان رفتند بدخشي توسط دفاعيه پرشور از انديشه ها وتفكرات ملي انقلابي خويش دفاع نمود ،بعداز يكسال از زندان رها شد.

اطلاعات كه در باره كودتاي ثور 1357 توسط افسران اردو برايش داده شد خطر بروز فاجعه وحادثات نا هنجاري را پيش بيني مينمود او با ر بار بيان ميداشت بگذار آنها كودتا نمايند اين كودتا هيچ مشكلي را نميتواند حل نمايد بلكه دشواري هاي زيادي را بوجود خواهد آورد ،    ازاثروقوع اين كودتاه مصيبت عظيم دامنگير كشورشد،كه به همگان آشكاراست، كه عاملين آن كودتا گران ثور بودند،اوبا روش داهيانهء مثل يك معلم وپيشوا، تجارب واندوخته هاي خويش را به شاگردان خويش منتقل ميكرد طوريكه  به فرزندش "هارون روزبه" نوشته است "يك نسل از روشنفكران وطنش را آموزش انقلابي داده است براي نسل آينده انديشته هاي وي بي تاثير نيست" او با تيز هوشي تمام پيش بيني نموده بود "مسله ملي كه در آن زمان صداي خفيف ءبود سر انجام به غرش سهمگين تبديل خواهد شد" هنوزهم كساني اند كه خود مختار ملي وتشكيل دولت فدرال را كه از طرح هاي اساسي وي بود ،به ديده ي شك وترديد مينگرند، تجربه ء سي سال اخير بعداز شهادت شاد روان بدخشي نشان ميدهد فقط دولت ميتواند در كشور قانون را بسط وتعميم دهد،كه بر مبناي اصول انتخابات راستين، وانتقال قدرت بدست مردم، به شكل دموكراتيك، با سيستم خود مختاري ملي، نهادينه شده باشد.